拓也他们到了数码世界的一个浮起的岛，这个岛上的人型数码精灵和兽型是完全对立的，人型的数码精灵帮助了拓也、友树和纯平，而兽型的数码精灵则协助辉二和泉，拓也和辉二竟就此打起上来，后来因其它数码精灵哭了起来而停此。人型的剑道兽，与兽型的小熊兽是好朋友，他们说起洞穴里有古代的数码精灵，认为如果仍然存在的，必定可解救这个岛。两种型态再次战争，拓也进化成炎龙兽.........

　　小智在旅行途中遇到的少年，遥人。他身上有某个秘密？　　小智和母亲花子约定好在隔壁镇上见面，然而在他睁开眼睛的时候却发现，皮卡丘不见了？！此时遥人出现在正在寻找皮卡丘的小智面前。　　小智跟着遥人前往寻找夺走皮卡丘的那群可疑人物。关系逐渐变好的两人……将面临冲击性的事实！！　　遥人遇到的抓走皮卡丘的穿着奇怪服装的可疑人物，果然是火箭队呢！有种预感，感觉还会有其他事情会发生……...

　　这部以新奥地区为舞台的特别篇，除了小智和小豪之外，以小光为首的令人怀念的伙伴们出场，策划着神秘计划的银河队、被称为神的宝可梦·阿尔宙斯也即将登场。...

很久很久以前，人世间鬼怪横行，魑魅魍魉泛滥成灾。当时出现了一个最强的役小角，他降服了拥有强大实力的鬼神为自己所用，以铲除为非作歹的鬼怪。在役小角临死之际，他将鬼神封印，人世间绝少听闻鬼神的消息。时间来到了现代，役小角的后代小明（横山智佐 饰）在命运的驱使下解开封印，可是 高傲的前鬼根本不服从小明的役使，于是这个女孩只得将其变成童子的模样。与此同时，凭依兽大量出现，而许多可怕的敌人交替登场。人世间再...

　　在人与妖怪之间过着忙碌日子的夏目，偶然与以前的同学结城重逢，由此回忆起了被妖怪缠身的苦涩记忆。此时，夏目认识了在归还名字的妖怪记忆中出现的女性·津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子椋雄一同过着平稳的生活。夏目通过与他们的交流，心境也变得平和。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着神秘的妖怪。在调查此事归来后，寄生于猫咪老师身体的“妖之种”，在藤原家的庭院中，一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了与自...